A EBI de Arrifes foi oficialmente criada pelo Decreto Regulamentar Regional n.º 14/2002/A, de 31 de maio, dando continuidade a um percurso educativo que remonta a 1986. Atualmente, tem como sede a Escola Básica 2,3 de Arrifes, onde oferece, para além do Ensino Geral, Programas de Recuperação de Aprendizagens e Programas Específicos de Escolarização e Formação. A sua estrutura inclui seis núcleos escolares localizados nas freguesias de Arrifes, Covoada e Relva, que asseguram a oferta educativa do 1.º Ciclo do Ensino Básico e da Educação Pré-Escolar.
A escola é, assim, composta por sete estabelecimentos de ensino, articulados para garantir um percurso educativo coeso e de qualidade:
- Freguesia de Arrifes
EB 2,3 de Arrifes – Sede
Rua Cardeal Humberto Medeiros
| Núcleo de Outeiro | Núcleo de Milagres |
| Coordenador: Sónia Silva | Coordenador: Anabela Sousa |
 |
 |
| EB1/JI de Outeiro | EB1/JI de Milagres |
| Rua do Outeiro | Travessa de Milagres |
| Núcleo Eng. José Cordeiro | Núcleo Cardeal Humberto Medeiros |
| Coordenador: Sílvia Melo | Coordenador: Sónia Albergaria |
 |
 |
| EB1/JI Eng. José Cordeiro | EB1/JI Cardeal Humberto Medeiros |
| Travessa da Piedade | Largo da Saúde |
- Freguesia da Covoada
Núcleo Escolar da Covoada
Coordenador: Emanuel Medeiros
EB1/JI de Covoada
Avenida 6 de Janeiro
- Freguesia da Relva
Núcleo Escolar da Relva
Coordenador: Ana Cristina Sousa
EB1/JI de Relva
Rua da Guiné
A EBI de Arrifes tem-se destacado, ao longo da sua existência, pelo compromisso com a educação inclusiva, tornando-se em 2009 uma escola de referência para a educação e ensino bilingue para alunos surdos (EREBAS) e, posteriormente em 2019, uma escola de referência para a educação bilingue (EREB). No mesmo ano, através do Despacho n.º 1187/2019, foi selecionada como uma das quatro escolas piloto na implementação do paradigma da Educação Inclusiva.
Desde o ano escolar 2000/2001, tem sido reconhecida, quase ininterruptamente, pela qualidade da sua ação ambiental através do Galardão Eco-Escolas.
A Escola promove atividades extracurriculares tais como a Oficina de Cerâmica e Vidro, o Clube de Música, o Clube d’Artes e, no âmbito do Clube Escolar de Desporto EB 2,3 de Arrifes, as Escolinhas de Desporto e modalidades de treino e competição dos escalões de formação e desporto adaptado.
A instituição tem mantido um perfil inovador, participando em iniciativas como o Erasmus+ desde 2001 e projetos eTwinning desde 2017, recebendo em 2024 o selo Escola eTwinning. Desde 2010, atua também como entidade formadora creditada, tendo esta desenvolvido a plataforma FORBIA, que evoluiu para a Plataforma de Gestão de Formações dos Açores (PGF-Açores) em 2022.
Atualmente, com aproximadamente um milhar de alunos, a EBI de Arrifes concluiu recentemente a construção de um novo edifício para a escola sede, marcando uma importante renovação da sua infraestrutura física e proporcionando novas perspetivas educacionais para a comunidade que serve.